Dalam melaksanakan kegiatan pendidikan tinggi, STIES Alifa menerapkan bentuk struktur organisasi fungsional. Struktur STIES Alifa terdiri dari Ketua, Wakil Ketua I bidang Akademik dan kelembagaan, Wakil Ketua II Bidang keuangan dan administrasi umum, Wakil Ketua III Bidang Kemahasiswaan dan Alumni, selain itu Ketua STIES Alifa dibantu oleh Pusat Penjaminan Mutu (P2M), Pusat Penelitian Pengabdian kepada Masyarakat (P3M), Unit Pelayanan Teknis (UPT) membawahi laboratorium bahasa, laboratorium komputer/IT, Bank Mini, Perpustakaan, Pengembangan Karir Kewirausahaan dan Alumni. Unit Pengembangan Teknologi Informasi dan Pangkalan Data (UPTIPD), serta Tata Usaha, dalam mengelola 3 Prodi, yaitu ekonomi syariah, manajemen bisnis syariah, dan perbankan syariah. Adapun prodi terdiri atas Ketua Prodi. Prodi dapat mengakses semua Pusat, Unit, dan Tata Usaha. Mekanisme kerja ini diatur dalam SK nomor 010/YKA-A/SK/2021.